中国教育工会首都医科大学委员会（简称首都医科大学工会、学校工会）成立于1962年，现有会员总数五千余人，2019年12月换届产生第十届工会委员会和经费审查委员会，下设有青年教职工工作委员会，下设17个基层工会、280余个工会小组。2005年学校工会通过北京市教育工会“先进教职工之家”验收，首都医科大学宣武医院工会通过“中国教科文卫体系模范职工之家”验收。2011年学校工会通过“全国模范职工之家”验收。

  首都医科大学第一届教职工代表大会大会于1986年召开。2019年12月召开第七届教职工代表大会，换届产生了第七届教职工代表大会常设主席团、提案工作委员会、生活福利委员会。